अस्य श्रीसुब्रह्मण्यहृदयस्तोत्रमहामन्त्रस्य, अगस्त्यो भगवान् ऋषिः, अनुष्टुप्छन्दः, श्रीसुब्रह्मण्यो देवता, सौं बीजं, स्वाहा शक्तिः, श्रीं कीलकं, श्रीसुब्रह्मण्य प्रसादसिद्ध्यर्थे जपे विनियोगः ॥

करन्यासः –
सुब्रह्मण्याय अङ्गुष्ठाभ्यां नमः ।
षण्मुखाय तर्जनीभ्यां नमः ।
शक्तिधराय मध्यमाभ्यां नमः ।
षट्कोणसंस्थिताय अनामिकाभ्यां नमः ।
सर्वतोमुखाय कनिष्ठिकाभ्यां नमः ।
तारकान्तकाय करतलकरपृष्ठाभ्यां नमः ॥
हृदयादि न्यासः –
सुब्रह्मण्याय हृदयाय नमः ।
षण्मुखाय शिरसे स्वाहा ।
शक्तिधराय शिखायै वषट् ।
षट्कोणसंस्थिताय कवचाय हुम् ।
सर्वतोमुखाय नेत्रत्रयाय वौषट् ।
तारकान्तकाय अस्त्राय फट् ।
भूर्भुवस्सुवरोमिति दिग्बन्धः ॥

ध्यानम् ।
षड्वक्त्रं शिखिवाहनं त्रिनयनं चित्राम्बरालङ्कृतं
वज्रं शक्तिमसिं त्रिशूलमभयं खेटं धनुश्चक्रकम् ।
पाशं कुक्कुटमङ्कुशं च वरदं दोर्भिर्दधानं सदा
ध्यायामीप्सित सिद्धिदं शिवसुतं श्रीद्वादशाक्षं गुहम् ॥

लमित्यादि पञ्चपूजां कुर्यात् ।

पीठिका ।
सत्यलोके सदानन्दे मुनिभिः परिवेष्टितम् ।
पप्रच्छुर्मुनयः सर्वे ब्रह्माणं जगतां गुरुम् ॥ 1 ॥

भगवन् सर्वलोकेश सर्वज्ञ कमलासन ।
सदानन्द ज्ञानमूर्ते सर्वभूतहिते रत ॥ 2 ॥

बहुधा प्रोक्तमेतस्य गुहस्य चरितं महत् ।
हृदयं श्रोतुमिच्छामः तस्यैव क्रौञ्चभेदिनः ॥ 3 ॥

ब्रह्मोवाच ।
शृण्वन्तु मुनयः सर्वे गुह्याद्गुह्यतरं महत् ।
सुब्रह्मण्यस्य हृदयं सर्वभूतहितोदयम् ॥ 4 ॥

सर्वार्थसिद्धिदं पुण्यं सर्वकार्यैक साधनम् ।
धर्मार्थकामदं गुह्यं धनधान्यप्रवर्धनम् ॥ 5 ॥

रहस्यमेतद्देवानां अदेयं यस्य कस्यचित् ।
सर्वमित्रकरं गोप्यं तेजोबलसमन्वितम् ॥ 6 ॥

प्रवक्ष्यामि हितार्थं वः परितुष्टेन चेतसा ।
हृत्पद्मकर्णिकामध्ये ध्यायेत्सर्वमनोहरम् ॥ 7 ॥

अथ हृदयम् ।
सुवर्णमण्डपं दिव्यं रत्नतोरणराजितम् ।
रत्नस्तम्भसहस्रैश्च शोभितं परमाद्भुतम् ॥ 8 ॥

परमानन्दनिलयं भास्वत्सूर्यसमप्रभम् ।
देवदानवगन्धर्वगरुडैर्यक्षकिन्नरैः । ॥ 9 ॥

सेवार्थमागतैः सिद्धैः साध्यैरध्युषितं सदा ।
महायोगीन्द्रसंसेव्यं मन्दारतरुमण्डितम् ॥ 10 ॥

मणिविद्रुमवेदीभिर्महतीभिरुदञ्चितम् ।
तन्मध्येऽनन्तरत्न श्रीच्छटामण्डलशोभितम् ॥ 11 ॥

रत्नसिंहासनं दिव्यं रविकोटिसमप्रभम् ।
सर्वाश्चर्यमयं पुण्यं सर्वतः सुपरिष्कृतम् ॥ 12 ॥

तन्मध्येऽष्टदलं पद्मं उद्यदर्कप्रभोदयम् ।
निगमागमरोलम्बलम्बितं चिन्मयोदयम् ॥ 13 ॥

दिव्यं तेजोमयं दिव्यं देवताभिर्नमस्कृतम् ।
देदीप्यमानं रुचिभिर्विशालं सुमनोहरम् ॥ 14 ॥

तन्मध्ये सर्वलोकेशं ध्यायेत्सर्वाङ्गसुन्दरम् ।
अनन्तादित्यसङ्काशं आश्रिताभीष्टदायकम् ॥ 15 ॥

अचिन्त्यज्ञानविज्ञानतेजोबलसमन्वितम् ।
सर्वायुधधरं दिव्यं सर्वाश्चर्यमयं गुहम् ॥ 16 ॥

महार्ह रत्नखचित षट्किरीटविराजितम् ।
शशाङ्कार्धकलारम्य समुद्यन्मौलिभूषणम् ॥ 17 ॥

मदनोज्ज्वलकोदण्डमङ्गलभ्रूविराजितम् ।
विस्तीर्णारुणपद्मश्री विलसद्द्वादशेक्षणम् ॥ 18 ॥

चारुश्रीवर्णसम्पूर्णमुखशोभाविभासुरम् ।
मणिप्रभासमग्रश्रीस्फुरन्मकरकुण्डलम् ॥ 19 ॥

लसद्दर्पणदर्पाढ्य गण्डस्थलविराजितम् ।
दिव्यकाञ्चनपुष्पश्रीनासापुटविराजितम् ॥ 20 ॥

मन्दहासप्रभाजालमधुराधर शोभितम् ।
सर्वलक्षणलक्ष्मीभृत्कम्बुकन्धर सुन्दरम् ॥ 21 ॥

महानर्घमहारत्नदिव्यहारविराजितम् ।
समग्रनागकेयूरसन्नद्धभुजमण्डलम् ॥ 22 ॥

रत्नकङ्कणसम्भास्वत्कराग्र श्रीमहोज्ज्वलम् ।
महामणिकवाटाभवक्षःस्थलविराजितम् ॥ 23 ॥

अतिगाम्भीर्यसम्भाव्यनाभीनवसरोरुहम् ।
रत्नश्रीकलिताबद्धलसन्मध्यप्रदेशकम् ॥ 24 ॥

स्फुरत्कनकसंवीतपीताम्बरसमावृतम् ।
शृङ्गाररससम्पूर्ण रत्नस्तम्भोपमोरुकम् ॥ 25 ॥

स्वर्णकाहलरोचिष्णु जङ्घायुगलमण्डलम् ।
रत्नमञ्जीरसन्नद्ध रमणीय पदाम्बुजम् ॥ 26 ॥

भक्ताभीष्टप्रदं देवं ब्रह्मविष्ण्वादिसंस्तुतम् ।
कटाक्षैः करुणादक्षैस्तोषयन्तं जगत्पतिम् ॥ 27 ॥

चिदानन्दज्ञानमूर्तिं सर्वलोकप्रियङ्करम् ।
शङ्करस्यात्मजं देवं ध्यायेच्छरवणोद्भवम् ॥ 28 ॥

अनन्तादित्यचन्द्राग्नि तेजः सम्पूर्णविग्रहम् ।
सर्वलोकैकवरदं सर्वविद्यार्थतत्त्वकम् ॥ 29 ॥

सर्वेश्वरं सर्वविभुं सर्वभूतहिते रतम् ।
एवं ध्यात्वा तु हृदयं षण्मुखस्य महात्मनः ॥ 30 ॥

सर्वान्कामानवाप्नोति सम्यक् ज्ञानं च विन्दति ।
शुचौ देशे समासीनः शुद्धात्मा चरिताह्निकः ॥ 31 ॥

प्राङ्मुखो यतचित्तश्च जपेद्धृदयमुत्तमम् ।
सकृदेव मनुं जप्त्वा सम्प्राप्नोत्यखिलं शुभम् ॥ 32 ॥

इदं सर्वाघहरणं मृत्युदारिद्र्यनाशनम् ।
सर्वसम्पत्करं पुण्यं सर्वरोगनिवारणम् ॥ 33 ॥

सर्वकामकरं दिव्यं सर्वाभीष्टप्रदायकम् ।
प्रजाकरं राज्यकरं भाग्यदं बहुपुण्यदम् ॥ 34 ॥

गुह्याद्गुह्यतरं भूयो देवानामपि दुर्लभम् ।
इदं तु नातपस्काय नाभक्ताय कदाचन ॥ 35 ॥

न चाशुश्रूषवे देयं न मदान्धाय कर्हिचित् ।
सच्छिष्याय कुलीनाय स्कन्दभक्तिरताय च ॥ 36 ॥

सतामभिमतायेदं दातव्यं धर्मवर्धनम् ।
य इदं परमं पुण्यं नित्यं जपति मानवः ।
तस्य श्री भगवान् स्कन्दः प्रसन्नो भवति ध्रुवम् ॥ 37 ॥

इति श्रीस्कान्दपुराणे सुब्रह्मण्यहृदयस्तोत्रम् ॥